Con lui era nata l'ufologia scientifica. Si recò in numerosi paesi al di fuori degli USA per verificare anche alcune delle innumerevoli segnalazioni estere. È considerato il fondatore e il padre dell'ufologia. in USA fu addirittura definito dai media Il Galileo dell'ufologia. Come consulente ha anche legato il suo nome al film di Steven Spielberg Incontri ravvicinati del terzo tipo, il cui titolo è ispirato alla terminologia della sua classificazione dei fenomeni UFO.
Nel film, ad Hynek fu dedicato un breve cammeo cinematografico inserendolo fra gli astanti nella scena dell'atterraggio dell'UFO
Ogni verità attraversa tre stadi prima di venire riconosciuta. Prima è ridicolizzata, poi è contestata, infine considerata come evidente
Arthur Schopenhauer