Alla partenza dalla Spagna era imbarcato sulla Trinidad col grado di maestre, equivalente di comandante, mentre Magellano, imbarcato sulla stessa nave, come capitano generale, cioè ammiraglio della flotta.
Sulla Santiago, la più piccola delle navi della flotta naufragata lungo le costa argentine il 24 agosto 1520, in qualità di marinaio era imbarcato pure un figlio di Ponzoroni, Domenico. quando la Victoria e la Trinidad si separarono alle Molucche, Domenico imbarcò sulla Victoria e il padre restò sulla Trinidad in attesa di completare le riparazioni prima di intraprendere il viaggio di ritorno. L'addio tra i due dovette essere molto sofferto. Giovan Battista amava quel figlio che per eredità di sangue aveva scelto il suo mestiere. Volle che imbarcasse sulla Victoria perché prima di lui avesse l'opportunità di ritornare in Spagna e poi in famiglia, a Sestri.
Padre e figlio non si rividerò più. Domenico scomparve in mare al largo della Costa africana della Guinea il 14 giugno 1522, tre mesi prima dell'arrivo della nau a Siviglia. Giovan Battista, invece finì vittima degli stenti e della fame della fame in una prigione portoghese del Mozambico verso la fine del 1525, senza sapere che suo figlio era già morto più di tre anni prima.
Dopo estenuanti mesi di navigazione nel Pacifico alla ricerca di eventi favorevoli, la Trinidad fece ritorno alle Molucche dove fu catturata da una flotta portoghese inviata nei mari del Sud per intercettare le navi di Magellano. Con il resto dell'equipaggio Ponzoroni fu arrestato e trattato senza rispetto. Ponzoroni languì per anni, come gli altri compagni della Trinidad, nelle carceri di Banda, della Malacca e di Cochin in India rischiando di morire letteralmente di fame.
Riuscì ad evadere con Leon Pancaldo dal duro carcere indiano e a nascondersi su una nave diretta in Portogallo. Scoperti entrambi, finirono in un meno orribile prigione a Sofala, in Mozambico. Giovan Battista morì proprio a Sofala, verosimilmente verso la fine del 1525. Ben altra sorte era riservata a Pancaldo che riuscì a evadere di nuovo e a tornare in Europa