Nato a Bosco Marengo in provincia di Alessandria (da qui il soprannome) il 25 novembre 1541, nipote del cardinale Michele Ghislieri, Michele si pose sin da giovanissimo nella scia dello zio, che seguì a Roma. Qui si fece frate domenicano intorno al 1560. Era a Perugia il 7 gennaio del 1566 quando lo zio fu eletto papa con il nome di Pio V (1566-1572): rientrato velocemente a Roma, il 6 marzo successivo Michele veniva nominato cardinale di Santa Maria Sopra Minerva, titolo lasciato vacante proprio dallo zio papa.
Tra le varie cariche che via via egli andò ottenendo come cardinal nepote, ricevette nel 1568 quella di Gran Priore di Roma per l'Ordine di Malta. E fu nel ruolo di Gran Priore che Michele poté finalmente intraprendere nel 1584 l'urbanizzazione dell'Orto di San Basilio e la realizzazione di Via Alessandrina e di Via Bonella, che presero nome, rispettivamente, dal suo soprannome e dal suo cognome