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L'esecuzione della Pala Cesi era però ancora in alto mare e un anno dopo i padri per sollecitarne il compimento provarono a inviare del denaro a Barocci, il quale tuttavia non volle accettarlo a causa dei troppi impegni in sospeso. Del resto la fama di Federico si era accresciuta notevolmente dalla consegna della
prima opera per la Chiesa Nuova, la Visitazione, ei padri oratoriani ne erano al Corrente: una lettera del 1° agosto 1592, oltre ad attastare il compimento del lavori strutturali all'interno della cappella Cesi, definiva infatti Barocci "pittore hoggidi in Italia forse il primo".
Dopo un ulteriore sollecito inoltrato dal committente, 8 marzo 1593 finalmente Barocci accettò un pagamento da Angelo Cesi e probabilmente diede principio all'esecuzione dell'opera, che si protrasse fino al 1603. Nell'aprile di quell'anno i padri di Santa Maria in Vallicella ringraziavano Angelo Cesi per il dipinto. In quest'occasione venivano rilevati anche alcuni problemi legati alla messa in opera della tela, leggermente più grande di quanto poteva contenere la cornice di marmo giallo che era stata predisposta e che era quindi stato necessario rimuovere.
La tela fu preparata, come di consueto per l'artista, attraverso una lunga fase di progettazione grafica che riguardo sia la scena nel suo insieme, sia alcuni gruppi di figure. La Vergine inginocchiata é studiata in un nucleo di fogli conservati a Berlino che mostrano come l'artista modellò la figura dal vero riprendendo dettagli di essenziale naturalismo come la capigliatura e i fianchi arrotondati della giovane.
La consegna della Presentazione fu occasione per tentare di proseguire la collaborazione tra gli Oratoriani e Barocci: tuttavia la pala della cappella Glorieri per la quale si era pensato a lui, fu poi affidata al Cavalier d'Arpino.
