A causa, infatti, della nota posizione repubblicana del patriota genovese nell'Italia sabauda, la proposta di un monumento a Mazzini è avanzata solo nel 1887, ripresa nel 1890 e, infine, nel 1902, anno dell'incarico affidato a Ettore Ferrari, scultore dichiaratamente massone e già autore del Giordano Bruno in Campo de' Fiori (1887) e del Vittorio Emanuele II a Venezia (1887), nonché di numerosi monumenti dedicati a Garibaldi lungo la penisola.
Nel 1905 Ferrari presenta il primo bozzetto, il cui valore simbolico è la forza delle idee mazziniane: il patriota viene ritratto in una posa riflessiva, paludato e seduto su uno scranno semicircolare, sormontato da un tempietto in stile dorico, a evidenziarne il ruolo di pensatore, tribuno e Padre della Patria; concetti espressi simbolicamente in un fregio lungo il basamento.
Nel 1911 è lo stesso scultore a proporre di eliminare la struttura architettonica sovrastante Mazzini, mentre nel 1914 si decide di erigere il monumento sull'Aventino, dove solo nel 1922 viene collocata la prima pietra.
Alla scomparsa di Ferrari, nel 1929, il monumento risulta terminato ma non ancora assemblato: gli elementi del basamento erano custoditi nel giardino della casa dello scultore e il ritratto di Mazzini attendeva nella fonderia Laganà di Napoli.
Fu infine il figlio, Gian Giacomo Ferrari, con l'aiuto dello scultore Ettore Guastalla, ad allestire gli elementi architettonici e scultorei, il cui svelamento fu ulteriormente procrastinato dall'avversione del fascismo per la massoneria, incarnata sia da Mazzini sia da Ferrari, Gran Maestro dal 1904 al 1918.
Quanto mai imponente, il basamento in marmo è caratterizzato da un fregio continuo in altorilievo che narra le principali tappe del pensiero mazziniano:
l'Aspirazione alla libertà che si concretizza nella Giovine Italia;
il Sacrificio per la redenzione degli oppressi;
la Lotta contro il dispotismo;
il Turbine trionfale della rivoluzione;
la Ricomposizione delle spoglie dei martiri.
Dal punto di vista delle fonti visive, il fregio è prossimo a celeberrime opere della pittura a tema storico e della scultura monumentale romantica, in particolare francese, da Théodore Géricault a François Rude.